In der Antarkis wurde vom SG-1 Team um Daniel Jackson (Michael Shanks) ein Außenposten der uralten Rasse der Antiker entdeckt, die einst die Erde bevölkerte. Offenbar waren diese nicht nur Schöpfer der Sternentore, sondern auch Erbauer der Stadt Atlantis. Diese existiert allerdings fern ab der Erde in der Pegasus Galaxie, erreichbar durch ein Stargate. Nur mit einer großen energetischen Anstrengung ist es dem neuen Team um Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson) möglich, die Pegasus Galaxie zu erreichen. Außerdem ist ungewiss, ob die Gruppe jemals wieder zurückkehren kann.